Istnieje wiele teorii na temat mechanizmów fizjologicznych dzięki którym Technika Bowena osiąga rezultaty. Oprócz przywracania równowagi autonomicznego układu nerwowego, ruchy i procedury Bowena mogą poprzez m.in. system nerwowy i hormonalny uruchomić inne mechanizmy:

• Odruch rozciągania – ruchy pobudzania i przetaczania wykonuje się na przyczepie początkowym, końcowym lub brzuścu mięśnia. W ten sposób można zmienić pętlę bólu lub skurczu mięśniowego.
• Proprioceptory stawów – wszystkie ruch wykonuje się w okolicy stawów, oddziałują bezpośredni na torebkę stawową i więzadła, które są obficie unerwione a bodziec odebrany przez układ nerwowy wywołuje unormowanie funkcjonowania stawu.
• Powięź – każdy ruch Bowena jest wykonywany na poziomie zewnętrznej powięzi i oddziałuje na związek między powięzią a nerwem, mięśniem lub ścięgnem poprzez jej uruchomienie. Ruch ten rozluźnia ściśle przylegające tkanki, zmiękcza blizny, poprawia ruchomość bez przykrej mobilizacji, czy rozciągania.
• Segmentarny odruch skórno-trzewny – niektóre ruchy Bowena uruchamiają te odruchy i wywołują odpowiednią reakcję w narządach wewnętrznych na skutek stymulacji skóry, mięśni i nerwów.
• Punkty akupunkturowe i meridiany – większość ruchów Bowena pokrywa się z punktami akupunkturowymi, co powoduje bardzo silny aspekt wibracyjny i oddziałuje na organy wewnętrzne.
• Harmonijne wibracje lub model rezonansowy – ruchy Bowena ustanawiają schemat wibracji, który przywraca organizm do równowagi i harmonii.
• Naczynia chłonne – niektóre procedury Bowena aktywują drenowanie w systemie limfatycznym, wspomagając system odpornościowy.
• Oczyszczanie organizmu – podczas sesji Bowena zostaje zapoczątkowane oczyszczanie, co poprawia zdolność do wykonania czynności organizmu na poziomie komórkowym.